党委（校长）办公室是学校党委和行政的综合办事与协调机构，其主要职能是服务领导、服务基层、参与政务、管理事务、行政督办和对外联络。

党委宣传部在学校党委的领导下，围绕学校中心工作，开展全校“两论”（理论、舆论）和“两文”（文明、文化）工作，加强宣传思想阵地建设与管理，为实现学校的发展目标提供有力的思想保证、精神动力、舆论支持和文化支撑。

党委教师工作部是在学校党委领导下开展教师思想政治和师德师风建设工作的职能部门。

党委统战部是学校党委贯彻和落实党的统一战线方针政策，负责全校统一战线工作的职能部门，是学校党政领导与党外人士联系和沟通的桥梁，也是面向全校统一战线成员的服务机构。其承担反映情况、掌握政策、协调关系、举荐人才、增进共识、加强团结等职责。

吉林医药学院纪检监察办公室 地址：吉林省吉林市丰满区吉林大街5号

中共吉林医药学院委员会巡察工作领导小组下设办公室（以下简称巡察办），作为党委工作部门，是领导小组日常办事机构。

吉林医药学院学生工作部（处）（武装部） 地址：吉林省吉林市丰满区吉林大街5号

吉林医药学院安全保卫部（处） 地址：吉林省吉林市丰满区吉林大街5号

机关党委是学校党委领导下的基层党组织，是机关的政治核心机构。

 离退休工作处是学校职能部门之一，主要任务是做好离退休教职工的服务和管理工作。在学校党委、行政和主管校领导的领导下，离退休工作处全体工作人员紧紧围绕学校中心工作和离退休老同志需求，以"让学校党委放心，让老同志满意"为工作目标，认真履行岗位职责，牢固树立"团结、务实、敬老、服务"的工作理念，全心全意为离退休老同志服务，积极为他们办实事、做好事、解难事，推进和谐校园建设。

吉林医药学院人事处 地址：吉林省吉林市丰满区吉林大街5号

教务处是在校长和主管副校长领导下，负责学校全日制本、专科教学管理、教学建设、教学改革和全校创新创业教育等工作的职能部门。

主办：吉林医药学院； 地址：吉林省吉林市丰满区吉林大街5号

教学督导与评价处(教师教学发展中心)是负责学校教师教学能力提升与发展、教学质量评价与监控、教育教学研究与改革的职能部门。

科技处是在学校党委和行政的领导下，负责全校自然科学和社会科学科学研究、学术团体与科研机构管理，以及学科建设和研究生教育发展的综合性职能部门。