济宁市第一人民医院始建于1896年，前身为美国教会巴可门医院和山东省立医院第三分院，是山东省历史悠久、文化深厚的百年老院之一。经过120余年的发展，医院现已成为山东省鲁西南地区学科门类齐全、医疗设备先进、专业特色突出的三级甲等大型综合公立医院。医院始终以准确定位、服务社会、以人为本、追求卓越为己任，努力打造成为医、教、研、管协同发展的高水平现代化管理智慧医院。
山东省戴庄医院（山东省安康医院；济宁市精神卫生中心）建于1952年，前身为山东省精神病康复医院，隶属山东省卫生厅。1956年11月更名为山东省戴庄医院，划归济宁领导，业务接受卫生厅管理和指导。1984年定名为济宁市精神病防治院。1992年，市干部疗养院并入后，增挂济宁市职业病医院牌子。
枣庄市立医院始建于1958年，1966-1987年曾用名枣庄市人民医院，是1993年首批通过全国评审、2013年和2018年两次通过山东省复审的国家三级甲等综合性医院，枣庄市唯一的国家级住院医师规范化培训基地，济宁医学院附属医院，枣庄市医疗、教学、科研和技术指导中心；2019年牵头组建了枣庄市首家互联网医院、枣庄市立医院医疗集团。
日照市人民医院始建于1949年1月，是济宁医学院附属医院，也是全市唯一的集医疗、教学、科研、预防、保健、康复于一体的三级甲等综合医院。获批为国家住院医师规范化培训基地、国家全科医生临床培养基地、国家脑卒中筛查与防治基地医院、国家药物临床试验机构资格医院，是国家高级卒中中心、国家标准版胸痛中心、日照市癌症中心、日照市创伤中心、日照市危重孕产妇救治中心、日照市危重儿童和新生儿救治中心。2018年全国三级公立综合医院绩效考核排名312位，2019届艾力彼中国医院竞争力地级城市医院第126位。
金乡县人民医院始建于1949年，县级三级乙等综合医院，济宁医学院非直属附属医院。医院集医疗、教学、科研、急救、社区服务为一体，肩负着全县64万人口的基本医疗和预防保健任务，服务范围辐射周边鲁苏豫皖边区近200万人口。
济南市第三人民医院始建于1951年，最早是山东省军区第二陆军医院；1952年7月，移交山东省地方政府，改为山东省第五康复医院；1959年6月11日，医院移交济南市卫生局，改名为济南市立第三医院；1972年更名为济南市第三人民医院。现为集医疗、急救、教学、科研、预防、保健于一体的济南市东部区域医疗中心，是济南市创伤外科医院、济南市肿瘤医院、济宁医学院附属医院、国家级微创骨科机器人应用典型示范中心、国家级示范防治卒中中心、山东大学齐鲁医院合作医院、济南市创伤中心、济南市城市医疗集团东部网络牵头单位，济南市道路
高唐县人民医院始建于1947年，经过七十余年的建设，现已发展成为集医疗急救、教学科研、康复保健于一体的三级综合医院，爱婴医院，济宁医学院（非隶属）附属医院，山东省立医院（集团）医联体单位，山东省千佛山医院全面合作医院，并与中科汉华医学科技有限公司北京名医专家团签署合作协议，将通过中科汉华公司与北京三十二家三甲医院3000多名知名专家建立了合作关系。
济宁市中医院始建于1959年，是国家三级甲等中医医院，拥有经开区分院、康复医院两家分院，是济宁市集中医、中西医结合医疗、教学、科研、预防、保健、康复于一体的大型综合性医院。总院、分院融合发展，倾力打造区域龙头中医医院。
曲阜市中医院（全国爱婴医院、山东省中医住院医师规范化培训基地、山东中医药高等专科学校非隶属附属医院、山东中医药大学教学医院、济宁医学院非隶属附属医院、济宁学院实践教学基地）医院地址：曲阜市 仓庚路 129号
济宁医学院司法鉴定(研究)中心是经山东省司法厅正式批准的第三方公立高校司法鉴定机构，隶属于济宁医学院，编制为正处级单位，依托于山东省唯一的法医学本科教育专业而设立，是山东省高等院校设立的唯一全领域法医类司法鉴定机构和司法鉴定研究中心。
济宁医学院精准医学研究院成立于2015年，主要致力于肿瘤、心血管疾病和糖尿病等精准医学的理论基础和临床应用研究，在分子诊断、精准治疗、个性化预防以及风险预测等方面，具体研究方向包括：1）分子标志物及生物信息学；2）分子遗传学病因与机制；3）干细胞与靶向治疗等。
济宁医学院生物信息研究中心成立于2017年，隶属于济宁医学院，是由济宁医学院联合上海交通大学、香港大学、山东大学等多家科研单位生物信息学专家，整合鲁西南生物信息学主要研究力量，投入1000万元资金，正式组建了济宁医学院生物信息研究中心。
山东省出生缺陷研究与转化协同创新中心是在山东省教育厅领导下，由济宁医学院牵头，联合上海交通大学、华大基因研究院、山东省安康医院等组建的“产学研用”相结合的相对独立机构。现有专业技术人员245人，教授40余人、副教授约20人、具有博士学位人员约100人。
生物样本库(biobank)是一种集中保存人类生物材料,用于疾病的临床治疗和生命科学研究的生物应用系统。是标准化收集、处理、储存和管理人类离体器官、组织、细胞、血液、体液、分泌物、排泄物及生物大分子衍生物等各种生物标本，以及生物样本捐赠者的临床诊治、随访等信息的机构。许多重大疾病的早期诊断、个性化治疗、预防和预后评估等都可借助对生物样本库中所保存的人体组织、血液及体液中的基因或蛋白成分来分析判断。因此，对疾病发病机制及其与疾病的相关性及药物靶向治疗中所起作用的研究成为了生命科学发展的一个关键环节。
为了优化和整合疾病临床资源，加速基础研究到临床应用，共同推动济宁市生命科学及疾病防治事业的发展，造福济宁市广大人民群众，根据济宁市委、市政府的统一部署，济宁医学院与济宁医学院附属医院、深圳华大基因研究院本着平等合作、优势互补、合作共赢的原则，依托双方各自资源和技术优势，成立了济宁医学院医学检验所。
