教务处是学校本专科教学工作和实施教学管理的职能部门，下设综合科、教学科、教务科、考务中心、实验教学管理科、学籍管理科、教育技术科、创新教育科、教材科、日照校区教学管理科、招生办公室，以贯彻落实党和国家高等教育办学方针、政策为中心任务，规划本科教育教学改革、发展与建设，负责教学管理运行工作。

教师发展中心（教学质量监控中心）是在学校党委、行政的领导下负责学校教师发展、教学质量监控与评价、教学督导、教育教学研究等工作的直属单位。

近五年，国家自然科学基金立项101项，立项数连续两年居全省同类院校之首。山东省自然科学基金等省级项目立项140项，立项数量、资助经费及增长幅度均创历史新高。发表“SCI”论文1863篇。获省级科研奖励四项。申请国家发明专利108项。山东省神经科学学会、山东省矮小症医疗大数据科技联盟落户学校。打造“微山湖”品牌学术论坛，举办第五届全国“跨学科蛋白质研究”学术讨论会等学术会议、学术报告100余场次。

研究生教育是济宁医学院最高层次的学历教育。学校自1996年起开始联合天津医科大学招收研究生，现为临床医学一级学科专业硕士学位授权点和同等学力人员申请临床医学硕士专业学位授予点，并与山东大学、天津医科大学、青岛大学、山东农业大学、山东省医学科学院、曲阜师范大学等联合招收培养博士、硕士研究生。研究生教育经历了从无到有、逐渐扩大、逐步完善的发展历程。

济宁医学院财务处是在校党委、校行政领导下，统一管理学校各项财务工作的唯一机构，是学校财务管理的职能部门。具体负责学校的财务管理、会计核算等。

济宁医学院内部审计机构成立于1990年，由原来的审计室发展到现在的审计处。审计处共有工作人员7人，包括高级会计师3人（其中1人获国家司法资格考试A证），审计师2人（其中1人同时为国家注册会计师、国际注册内部审计师），工程师（同时为国家一级建造师）1人，会计师1人。1名同志入选山东省高端会计人才项目，2名同志入选山东省卫生计生委内部审计专家库。

资产管理处由综合科、计划科、招标办公室、物质采购供应科、资产管理科、房产管理科、动物实验中心、日照校区资产综合管理科八个科室组成，负责学校的固定资产购置计划、物质招标采购、固定资产管理、房产土地管理、实验动物管理等工作。

济宁医学院后勤管理处作为学校后勤管理职能部门，在学校党委和行政的正确领导下，统筹规划，协调全校后勤保障工作，主要包括太白湖校区水电暖冷供应及维护、维修、餐饮管理、学生宿舍管理、物业管理、绿化管理、卫生健康服务等；现有正式职工21人；下设6个科室（中心）：餐饮服务中心、综合科、水电管理科、建修科、绿化管理科、学生宿舍管理科。

保卫处在学校党委、行政的领导下，依据国家的有关法律、法规，按照学校的各项规章制度，负责全校治安管理、消防安全、职工家属和在校学生户籍管理及家属委员会办公室的全面工作。

基建处现有柒名人员，其中处长一人，副处长二人，借调人员一名。设综合科和施工管理科两个科室。

离退休工作处是在学校党委和行政领导下做好全校离退休工作的职能部门。

济宁医学院图书馆始建于1952年，形成了由太白湖校区、日照校区、任城校区和高新区科教园四个馆组成的“三区一园”的办馆格局，总建筑面积33928.67平方米。

信息技术中心历经网络信息中心、现代教育技术中心两次更名，先后隶属于学院宣传部、学院办公室，于2010年12月独立设置，处级建制。信息技术中心集技术服务、科学研究、系统研发、教育教学、技术培训于一体，是学校信息化建设的技术部门和服务部门。

《济宁医学院学报》编辑部 地址：济宁市任城区建设南路33号

济宁医学院附属医院始建于1951年，是山东省区域医疗中心。建院以来，医院始终坚持“一切为了大众健康”的服务宗旨，以病人为中心，以质量为核心，各项事业实现健康持续发展。