医药工程学院为济宁医学院下属二级学院，坐落于济宁国家高新区大学园，学院开设有生物制药、制药工程两个专业，现有在校生500余人。学院有教学实验用房3000余平方米，科研用房面积1500平方米，实验室仪器设备1500余台/套, 总价值2500余万元。学院现有教职员工22人，其中专任教师17人，均为博士学历，毕业于复旦大学，吉林大学，山东大学，中国药科大学，苏州大学，马来亚大学等国内外著名高校，其中享有国务院政府特殊津贴1人，省级青年拔尖人才1人，具有海外留学经历人员3人，博士后3人。
济宁医学院药学院坐落于美丽的海滨城市日照，北依卧龙山，东临黄海，整个校区依山傍水，藏风聚气，汇脉纳川，卧虎蛰龙，是高素质应用型药学人才的摇篮。
医学信息工程学院成立于2003年，现拥有计算机科学与技术、生物医学工程、医学信息工程、信息管理与信息系统4个专业，在8个专业方向上招收本科生，联合招收软件工程硕士研究生。计算机科学与技术专业是山东省一流专业建设点、山东省卓越工程师教育培养计划、校级特色专业，生物医学工程是校级一流专业。
管理学院成立于2005年，是山东省高校开设管理类专业较早的教学院系之一，整建制在济宁医学院日照校区。学院依托学校医药学科优质资源，致力于培养“身心健、作风实、能力强”的应用型人才。
进入21世纪，随着生物科学及相关学科的发展，以基因工程为核心的生物科技产业得到了迅速发展，已经成为全球增长最快的行业之一。近年来，我国生物产业保持20%以上的增速，预计到2020年，生物产业规模将达到8-10万亿元，每年带动新增就业20万人以上。生物科技产业涉及医药、农业、海洋、环境、能源、化工等多个领域，应用面广，世界各国，尤其是发达国家都把生物产业作为重点发展的战略目标，显示出广阔的发展前景。
济宁医学院临床医学院是学校规模最大、办学历史最悠久的教学单位之一，前身源于创立于1987年的临床医学系和2003年的临床学院，目前招收临床医学专业本科生和研究生，在校学生3161人。
济宁医学院公共卫生学院始建于1985年，是我校最早设置的两个专业教学单位之一，也是山东省最早开设预防医学专业的学院之一。1987开始招收预防医学本科生。1994年成立职业卫生与环境医学研究所，该研究所于1996年被批准为山东省高校“九五”重点建设实验室，成为山东省唯一以职业卫生与环境医学为研究方向的省级重点实验室。1998年《劳动卫生学》确定为山东省首批改革试点课程；1999年预防医学综合实验室被评为山东省“一类实验室”。
我校精神病学与精神卫生专业是国内本科办学最早、招生规模最大的高等院校之一，是山东省唯一一所招收精神医学本科专业的高校。
济宁医学院成人教育创办于1960年，2001年成立成人教育学院，2008年更名为继续教育学院。现设综合科、教学管理科、学籍管理科、招生办公室、培训科等5个科室，共有专职管理人员14人。
2005年，我校口腔医学专业经教育部批准设置，当年开始招收口腔医学五年制本科，2009年开始招收口腔医学两年制专升本，同年，根据学科发展需要，学校正式成立口腔医学系，2014年更名为口腔医学院。口腔医学专业为我校A类拨款专业，2016年入选山东省高水平应用型立项建设专业。
济宁医学院护理系于1999年经山东省教委批准成立，成立之初与精神医学系合署办公，并于同年开始招收护理本科生，2000年招收专科生。2007年独立，并改系建院，是山东省建院较早的护理学院。目前有本科、专升本、专科等多个办学层次，设有四年制本科和四年制重症护理专业方向，并于2014年开设四年制中美合作办学本科。目前在校生2400余人。
法医学与医学检验学院从2003年开始招生医学检验专业（卫生检验方向），2010年开始招生法医学专业；近三年研究生录取率逐年升高已达40%左右，就业率为100%。现有医学检验教研室、卫生检验教研室、临床血液学检验教研室、法医学教研室和1个法医学与检验医学实验中心，另外附属于其他学院的临床生物化学及检验、免疫学检验、细菌学检验、临床与职业医学检验等四个相关教研室。
马克思主义学院前身是建校之初成立的马列主义教研室。1994年11月，马列主义教研室与德育教研室合并，成立社会科学部。2003年更名为社会科学系，2006年与管理学院合并。2009年4月，社会科学部独立设置,为学校正处级二级教学部门。2016年7月，学校成立马克思主义学院（与社会科学部合署）。现有2个省级研究基地，一个校级协同创新中心。
中西医结合学院成立于2015年，现有中西医临床医学、针灸推拿学、临床医学（省属公费医学生）3个本科专业，在校生共计1385人。多年来，学院紧紧围绕“立德树人”根本任务，加强文化引领，推进文化育人体系建设、整合实践资源，推进实践育人体系建设、拓展网络教育平台，推进网络育人体系建设、坚持育心与育德相结合，推进心理育人体系建设等，贯彻落实“十大”育人体系，助力学生全面成长成才，为国家培养合格的医疗卫生人才！
济宁医学院康复治疗学专业创办于2008年，2015年12月成立济宁医学院康复医学院。目前，康复医学院拥有教职工32人，专任教师25人，其中享受国务院政府津贴1人，具有高级职称8人，具有博士学位4人、硕士学位22人。目前在校生555人。
