主办：南京市高淳区武家嘴实验中学 ；地址 : 江苏省南京市高淳区康乐路189号

主办：高淳区砖墙中学；地址：江苏省南京市高淳区砖墙集镇

高淳区桠溪中学位于二省（江苏、安徽）四县（高淳、溧水、郎溪、溧阳）交界地区的桠溪镇东侧，面对桠溪河，身傍桠汤路，水陆交通十分便捷。桠溪中学创建于1936年，历史悠久，名闻遐迩，是高淳县初中布局调整的试点学校，江苏省实施教育现代化示范学校。南京市绿化达标单位，曾被《新华日报》誉为花园式学校。学校上个世纪五十年代末设高中部，2003年学校高中部停办，现为高淳县镇级中心初中。

主办：南京市高淳区第二中学；地址：江苏省南京市高淳区淳溪街道牡丹路12号

 南京市高淳区第一中学，前身为高淳县德圣中学（民办），2001年由江苏省高淳高级中学创办，2007年转为公办学校并更名为高淳县第一中学，2019年9月整体搬迁至新校区。

南京市高淳区东坝中学创办于1956年，座落在江苏百家名镇——东坝集镇，现为六规制公办初中

南京高淳外国语学校位于宁高高速终点双牌石处，是一所以外语为特色的民办初级中学。

主办：南京市高淳区漆桥中心小学；地址 : 南京市高淳区河滨路17号

主办：南京市高淳区桠溪中心小学；地址 : 南京市高淳区桠溪集镇育才路57号

主办：南京市高淳区砖墙中心小学；地址：南京市高淳区砖墙集镇

主办：南京市高淳区淳溪中心小学；地址 : 江苏省南京市高淳区淳溪街道凤岭山庄15号

主办：南京市高淳区东坝中心小学；地址 : 南京市高淳区东坝街道育英路72号

高淳县实验小学的前身是清道光八年(1828年)建立的学山书院，光绪三十一年（1905年）就学山书院改设高淳县学堂。清末解元王嘉宾任堂长。学堂原在淳溪镇学山的文昌宫，后扩张到尊经书院的尊经阁、明伦堂等处。民国元年（1912年）改为高淳县立第一高等小学校，首任校长杨云溪。1935年改名为高淳县立城中小学校，潘宗纪任校长。抗战期间曾一度迁往漆桥南者、漕塘双山办学。抗战胜利后，更名为高淳县城区示范中心国民学校，江永芬任校长。

南京市高淳区古柏中心小学位于风景如画的石臼湖畔，始建于1914年， 1954年9月发展为完全小学，后更名为“高淳县凤山中心小学”。1996年，在韩村村南新建1所占地19600平方米的新校园，1997年从“庆余堂”整体迁入新址。学校环境优美，设施齐全，占地面积19600平方米，建筑面积5800平方米，现下辖中心校1所，办学点1个，共有教学班19个，学生568名，学校有在职教职工64人，专任教师47名，其中，中小学高级教师6人，占12.8%；区级及以上骨干教师12名，占25.5%；取得心理健康教师资格证的教师

南京市高淳区特殊教育学校是一所集学前教育、义务教育、职业高中为一体的十五年制特教学校，教育对象是全区的适龄特殊儿童。