学生工作部（学生处）设学生资助中心（副处级）、学生一科、学生二科、学生三科、心理健康教育办公室等5个副处级（正科级）办公室。

四川农业大学招生就业处是学校行政二级机构，下设招生办公室、就业与创业一科、就业与创业二科，负责全校普通本科生招生、就业、创新创业工作。

校研会、研团委由主席团成员和（学生兼职）团委副书记集体负责。校研究生会下设四个职能部门，研究生院团委下设三个职能部门，每部门主要负责人一名。

发展规划与学科建设处是负责学校事业规划、学科建设、学科平台建设工作的管理部门，为学校学术委员会办公室挂靠单位。

科技管理处是学校主管科技工作的业务管理部门，下设项目管理科、社科科、成果管理科、学报编辑室。转基因安全管理领导小组、“学科建设”双支计划执行办公室和学报编辑委员会办公室均设在科技管理处。

主办：四川农业大学人事处 ；地址： 雅安市雨城区新康路46号（雅安校区）、成都市温江区惠民路211号（成都校区）、成都市都江堰市建设路288号（都江堰校区）

学校按照机构健全、职责清晰的原则，为减少部门职能交叉，更好地履行学校内部监督职能，2015年学校机构改革，将原监察审计处分成了监察处和审计处两个独立单位。审计处下设财务审计科和工程审计科两个科室。

国资基建处下设办公室、国有资产管理科、房地产管理科、招标管理办公室、基建科5个科室，承担学校国有资产管理、房地产管理、政府采购、校内采购管理和基本建设管理等工作。

四川农业大学基地与实验室管理处成立于2021年8月，是学校主管教学科研基地和实验室工作的职能部门，下设办公室、基地科、实验室管理科三个正科级机构。教学科研基地和实验室管理实行“学校-院（所）”二级管理体制，基地与实验室管理处作为职能部门牵头，以院（所、校区）管理为主。

主办：四川农业大学离退休党委、离退休管理处 ；地址： 雅安市雨城区新康路46号（雅安校区）、成都市温江区惠民路211号（成都校区）、成都市都江堰市建设路288号（都江堰校区）

主办：四川农业大学党委武装部、保卫处 ；地址： 雅安市雨城区新康路46号（雅安校区）、成都市温江区惠民路211号（成都校区）、成都市都江堰市建设路288号（都江堰校区）

主办：雅安市雨城区人民政府办公室 ；承办：雅安市雨城区人民政府办公室政策研究和信息股；地址：雅安市雨城区雅州大道387号

主办：雅安市名山区人民政府办公室； 承办：雅安市名山区人民政府办公室电子政务与公共资源交易管理股 ；地址： 雅安市名山区茶都大道481号

主办：天全县人民政府办公室 ；承办：天全县人民政府办公室电子政务信息公开股；地址：雅安市天全县城厢镇建设路268号

主办：芦山县人民政府 ；承办：芦山县人民政府办公室 ；地址： 雅安市芦山县迎宾大道9号