交通大學為因應二十一世紀知識領域的變遷，以及全球化永續經營之挑戰，在科學領域方面，希望兼顧基礎與實務，著重跨領域基礎科學、分子醫學與生物工程領域之研究，以期於未來創造生物科技產業發展之高峰。加上隨著人類基因圖譜的解讀完成，生物醫學基礎研究與生物科技產業紛紛進入後基因體時代，潮流朝向分子醫學基礎研究及生物工程應用之研究，因此成就了本所成立的機緣。
有鑑於國家積極投入奈米科技之研究，國立交通大學工學院為適時提供目前及未來高科技產業及學術界所需的奈米科技相關人才，因此早在民國 90 年即向教育部申請成立奈米科技研究所，是全國第一個奈米科技研究所。
國立陽明交通大學（簡稱陽明交大）為國立陽明大學(以下簡稱陽明)與國立交通大學(以下簡稱交大)於2021年2月1日正式合併而成。
國立交通大學為研究型大學，向以理工著稱，尤在電子、資通訊及光電等領域已佔世界頂尖領導之地位，另於優勢基礎之上，發展管理與科技領域之結合、開拓人文社會新興領域及開展國際客家文化。近年更結合既有優勢領域進入新興生醫電子領域並發展問題解決為取向之科技應用工程領域。
管理科學學系在校友催促及國家社會需求下，於民國60年設立，一直以科學哲學培育管理人才為設系主旨。畢業學生遍及國內外公民營企業與學術機構。以優良的推理，執行與管理能力，承續了本校優良的學風，為國內外傳統管理訓練注入新生力量。本系開課重點依整合數量方法及各專業管理學域循序設計。本系注重整合資訊科技與管理決策理論，以培養高素質之管理人才及進一步提升國內管理科學研究水準為職責。為因應國家未來『資訊化』『國際化』『高科技化』之發展方向，本系發展重點在（1）數量方法 （2）行銷管理 （3）財務金融 （4）組織與行為
國立陽明交通大學於1970年成立管理科學研究所碩士班為管理學院之肇始，次年(1971)成立管理科學系開始招收大學部學生，為陽明交大管理學院之發展奠下基石。
一九九０年，「科技管理」這一個名詞開始在台灣的報章媒體上出現；之後一年，交通大學管理學院獲得教育部的核准，成立了台灣第一個科技管理研究所。我個人加入科技管理研究所的團隊已有二十年，中間常有機會聽到這樣的問題：「科技管理」與「管理科學」究竟有何不同?科技管理究竟在探討那方面的問題?個人在此野人獻曝，謹將「科技管理」這一個領域的興起背景、現況作一整理報告
國立交通大學（現國立陽明交通大學）鑑於國家經濟建設之需要，為積極培育管理人才，使之成為促進經濟發展的中堅力量，乃於民國59年8月在本校博愛校區成立「管理科學研究所」碩士班。 之後因管理教育的建教合作需求及 研究教學的拓展，於民國62年8月北遷所址，暫借臺北工專為上課處所，65年8月因規模擴增，遂將所址遷至板橋電信訓練所，68年8月為配合建教合作在職人員培訓計畫之推行，再遷至現今所址臺北市忠孝西路一段114號4樓，即北門郵電大廈四樓本校臺北校區。
工業工程與管理(或又稱為「工業工程」(Industrial Engineering, IE))，是一門結合科學、資訊科技和管理學等方法，用以提升組織營運效率的學問工具。
為因應國家經濟發展暨積極推動我國現代化交通建設，本校於民國62年成立海洋運輸學系及航運技術學系（分航海與輪機兩組），復於翌年成立運輸管理學系，以培養海陸空及都市運輸等方面之工程與管理人才。民國65年，成立運輸工程研究所，以培育都市及陸海空運輸工程與管理之中、高級專業人才，因應國家經濟發展與建設之需要。
國外的高階主管管理碩士學程行之有年，成效卓越，國內產業界菁英在擔任主管工作多年後，尚須出國進修管理知能以取得高階主管管理碩士學位。鑑此，教育部鼓勵國內各大學成立「高階主管管理碩士學程」（Degree Program of Master of Business Administration for Executive，EMBA），以因應社會高階管理教育之殷切需求。
GMBA（全球MBA）成立于2008年，是台湾第一个为跨国学生提供MBA学位的全英语教学项目，其中约45%至50%为国际学生。GMBA对“全球化”的态度不仅仅是让学生成为与跨国公司合作的最有效的管理者，而是让学生理解并在每个市场呈现的独特文化、法律和监管约束下有效工作。这一经历有助于毕业生保持一个道德企业公民的形象，无论毕业后留在台湾还是在国际上工作。
有鑒於科技的發展應導以人文的關懷，且資訊的流通也取決於語文的運用，陽明交通大學於民國83年8月成立了人文社會學院轄下的唯一大學部學系─外國語文學系，以強化人文社會科學領域的發展。
本院成立於84年，目前組織為1系8所2中心，包括：「外國語文學系」1學系，「外國文學與語言學」碩士班、「傳播研究所」碩士班、「應用藝術研究所」碩、博士班、「音樂研究所」碩士班、「建築研究所」碩士班、「教育研究所」碩、博士班、「社會與文化研究所」碩、博士班、「英語教學研究所」碩士班八個研究所，以及「語言與教學研究中心」、「師資培育中心」2中心，計有專任教師65人，學生770人（以109學年度下學期為準）。另與台聯大四校合作設立「亞際文化研究國際碩士學程」，由本校總負責，相關業務由本院社文所支援。
本中心之教學對象包括大學教育之正規學生和推廣教育之成人學生，內容涵蓋英語、日語、德語和法語等課程。更明確地說，本中心提供大一學生聽、說、讀、寫等基礎英語訓練課程，大二以上學生則可以選修進階英語或第二外語課程。另外，自八十七學年度起，本中心特開設學術英文寫作課程供研究生修習。
