北京交通大学研究生教育始于1954年，1981年学校成为全国首批博士、硕士学位授予单位。1984年设立研究生部，2000年获准试办研究生院，2004年6月经教育部批准正式建立研究生院，是我国56所研究生院单位之一。2008年成为全国研究生培养机制改革试点高校之一，2009年被设立为北京高校产学研联合研究生培养基地，同年成为国家建设高水平大学公派研究生项目签约高校之一，2010年被评为全国工程硕士研究生教育创新院校，2017年学校正式进入国家“双一流”建设行列，2018年新增工程博士专业学位授权类别。

人事处是在主管校长领导下，贯彻执行国家、上级主管部门和学校颁布的有关人事、劳动、工资、干部职工队伍建设等方面的法律、法规、方针政策和相关规定的行政职能部门。下设人事调配科、工资福利保险科、师资科、人才工作办公室、综合信息科、人才交流中心等六个机构。现有18名工作人员。

2016年3月，学校将原“房地产管理处”和“实验室与设备管理处”合并，成立国有资产管理处，同时将“资产经营有限公司”承担的学校经营性资产运营状况监管职能以及原“后勤管理处”承担的后勤国有资产管理监督职能，划归国有资产管理处（以下简称国资处）。

实验室安全管理处成立于2019年10月10日，负责实验室安全及维护管理，包括安全规划、安全监管、条件保障等工作。

北京交通大学计划财务处 地址： 北京市海淀区上园村3号

北京交通大学审计处正式成立于1992年，其前身是成立于1986年的北京交通大学审计室。审计处作为学校治理结构中重要的组成部分，紧紧围绕学校内部审计工作目标和职能定位开展工作。作为学校的“免疫系统”，审计处始终秉承“知行”校训，在提升学校治理水平、保证学校资产保值增值和促进学校可持续发展等方面提供多角度、多层次的增值服务,为学校建设特色鲜明世界一流大学的目标保驾护航。

新组建的发展规划与学科建设处是全面负责学校发展规划、学科建设、双一流建设、综合改革、发展战略研究等的职能部门。同时负责高等教育研究所、校学术委员会秘书处、校学术道德委员会办公室、校学科建设委员会办公室、教育部战略研究培育基地管理。内设3个机构：发展规划与综合管理办公室、学科建设管理办公室、发展战略研究办公室。

北京交通大学国际合作交流处（港澳台办公室）是北京交通大学执行涉外政策、协调国际交流与合作事务的职能部门和办事机构。

基建与规划处是负责学校基本建设工程管理的主要职能部门，对外代表学校行使立项单位、建设单位职责，对内接受学校基建领导小组的指导，具体负责建设工程的论证、立项、勘察设计、招标、施工管理、竣工验收、移交、保修等工作。同时负责学校大型修缮工程，包括教育部“改善基本办学条件专项”中的房屋修缮、基础设施改造和建设项目配套工程三大类，以及60万元以上的自筹资金修缮项目。

北京交通大学新校区建设办公室 地址： 北京市海淀区上园村3号

北京交通大学对外联络合作处以1984年成立的校友会为起点，在校党委的正确领导及全处人员的共同努力下，紧抓机遇、锐意进取，取得了一系列的发展:1994年，董事会成立;2005年，校企合作委员会成立;2006 年，教育基金会成立:2007年3月校友会、基金会、校企合作委员会和董事会合并改组，正式成立北京交通大学对外联络合作处。

北京交通大学信息化办公室、信息中心正式成立于2005年7月，其前身是成立于1982年的北京交通大学计算中心。后来随着教学职能的脱离以及网络信息服务职能的增加，曾改名为现代教育技术中心、文献信息中心、网络中心、信息中心等。是学校直属的处级建制，学校同时赋予了信息化管理和信息网络技术服务的双重职能，是一套编制两块牌子，负责全校网络和信息化建设和管理工作。

北京交通大学学生资助管理中心于2006年6月26日正式成立以来，不断完善制度，健全机制；本着“用真爱培育真爱”的服务宗旨，“助学解困，服务学生，成就人才”的工作目标，不断完善“奖，助，贷，勤，俭，补”资助体系，以提高学生综合素质、促进学生健康成长，不仅为在校家庭经济困难学生提供经济支持，而且在思想上，心理上，学习上给予关怀和帮助。

北京交通大学工会 地址： 北京市海淀区上园村3号

北京交通大学本科生院 地址： 北京市海淀区上园村3号