财经学院是在1984年创建的农牧业经济管理专科基础上发展起来的经济、管理类专业学院。1989年，成立农业经济系，并招收首届农业经济管理专业本科生。1993年改名经济贸易系。2001年成立经济贸易学院，同年获农业经济管理、区域经济学二级学科硕士学位授权点，次年开始招收硕士研究生。2004年更名经济管理学院，同年农业经济管理获批省级重点学科，并获一级学科硕士学位授权。2017年1月，学院更名为财经学院。
机电工程学院前身是创建于1958年的农业机械系，1992年改名机电工程系，2003年与水利水电工程系合并组建工学院，2017年成立机电工程学院。学院现有在读全日制本科生1267人。
金城以西，滔滔河水；河畔之北，学府巍巍。坐落在黄河河畔的甘肃农业大学水利水电工程学院，以四十年的执着求索和精神积淀，正阔步向新时代迈进。
甘肃农业大学林学院始于1958年创建的林学系，1986年成立林学院，是学校唯一经甘肃省人民政府批准成立的二级教学科研单位，也是甘青宁新地区目前唯一同时具有培养林学、水土保持与荒漠化防治、园林和风景园林4个专业本科和硕士、博士研究生高层次人才的单位。其中，林学专业为国家级一流本科专业、水土保持与荒漠化防治专业为省级一流本科专业和国家级特色专业、园林专业为省级特色专业。有林学一级学科博士学位点、林学一级学科硕士学位点以及风景园林和林业2各专业硕士授权类别。学院2013年起招收国际留学生。
甘肃农业大学食品科学与工程学院是甘肃省成立最早、食品类学科专业最全的学院。1988年甘肃农业大学进行专业整合成立食品科学与工程系；1989年食品科学与工程系开始第一次招生；2004年院系合并后成立食品科学与工程学院。
资源与环境学院的前身为1959年创建的农学系“土壤与农业化学”专业。1980年建立土壤农化系，1987年更名为土壤与植物营养系，1991年更名为土壤与农业化学系，1993年更名为农业应用化学系，1998年更名为资源环境系，2004年成立资源与环境学院。学院设有生态科学系、农业资源与环境系、城乡规划系、地理信息科学系、环境工程系、土地工程系和实验教学中心等教学组织与运行机构。
甘肃农业大学生命科学技术学院成立于2004年1月，成立之初由甘肃农业大学农学院、草业学院、动物医学院、动物科学技术学院、林学院等学院的部分学科、专业和师资整合而成。建院以来，学院坚持“以教学为中心，以育人为根本，以改革为动力，以质量为核心”的办学理念和发展思路，在人才培养、师资队伍建设、学科建设、科学研究等方面取得了长足的进步。
甘肃农业大学园艺学院是在果树蔬菜专业的基础上建立的。果树蔬菜专业始建于1960年，隶属于农学系，1971年与林学系合并成立林果系；1979年成立园艺系，2003年与农学院合并，2014年1月成立园艺学院。
植物保护学院已走过了60年的办学历程,其前身是甘肃农业大学原农学系植物保护专业,始建于1959年并于同年开始招收植物保护本科专业。1980年成立植物保护系，1996年开始招收硕士研究生,2003年12月并入草业学院，2016年6月成立植物保护学院。
2017年1月，学校决定将原人文学院、资源与环境学院、农学院相关专业、教师、学生和教学资源进行整合，成立了管理学院，相关专业学历教育开始于1989年。
2017年，在 “大文科”建设改革思路下，学校将人文学院部分系部同外语学院合并成立新人文学院。原人文学院成立于2001年，前身为西北畜牧兽医学院马列主义教研室（1954年）。原外语学院成立于2004年，前身为国立兽医学院英语教研室（1946年）。
甘肃农业大学马克思主义学院的前身是1954年成立的马列主义理论教研室。1993年成立社会科学部。2001年成立了人文学院，招收本科生。2012年成立马克思主义学院（与人文学院并存），2016年独立建院。学院下设马克思主义基本原理、中国近现代史纲要、毛泽东思想和中国特色社会主义理论体系概论、思想道德修养与法律基础、形势与政策、研究生公共课6个教研室。
信息科学技术学院前身是1992年成立的计算中心，2001年3月计算中心与网络中心、电教科合并成立计算机与信息技术系。2004年更名为信息科学技术学院。
甘肃农业大学理学院原名基础部，组建于1978年。经过两次院系调整，原基础部外语、体育、植物、动物、气象、动物生物化学等教研组室调整至其它院系，基础部于2001年更名为基础科学系，2004年又更名为理学院。2000年开办应用化学专科专业，2003年起开办应用化学本科专业，并同年招收少数民族预科班，2012年起开办统计学本科专业，2013年起开办材料化学本科专业。2012年建立“粮食、油脂及植物蛋白工程”硕士点。2018年建立“化学”一级学科硕士点，“应用统计”专业学位硕士点。
甘肃农业大学继续教育学院的前身是甘农大教务处培训科，成立于八十年代初。随着办学规模扩大，在原培训科的基础上，先后成立了培训中心和职业技术师范部，进入九十年代，成人高等教育和职业技术教育已成为我国高等教育的重要组成部分，为适应新的形势，促进我校成人高等教育事业的发展，学校决定将原培训中心和职业技术师范部合并，经省教育厅批准，于1993年7月成立甘肃农业大学成人教育学院。2004年，根据学校整体改革和发展的需要，将成人教育学院和职业技术学院合并，成立甘肃农业大学继续教育学院。
