经济管理学院前身始于1936年建立的福建协和大学农业经济系，几经重组调整，于2021年1月正式成立。学院现有专任教师120位，其中教授20位、副教授51位，博士生导师22位。在校生3290人，其中博硕士生967人。
公共管理学院成立于2013年4月，其前身是福建农林大学人文社会科学学院。学院秉承“立德固本、成人成己”的院训，形成了团结、协作、拼搏、进取的学院精神。
安溪茶学院是福建农林大学的二级学院之一，学院地处茶乡安溪，占地1200亩，建筑面积25万平方米，是以茶产业为特色的综合性学院。学院采取“政府、高校、民资”三位一体、优势互补、协作办学的模式，是福建省高等教育办学模式改革试点。
福建农林大学继续教育学院前身分别是创建于1994年的福建农业大学成人教育学院和创建于1995年的福建林学院成人教育学院。2000年，福建农业大学成人教育学院和福建林学院成人教育学院合并组建成立福建农林大学成人教育学院。为适应继续教育综合改革与转型发展需要，2013年福建农林大学成人教育学院更名为福建农林大学继续教育学院。
本学院（原作物科学学院）前身创建于1936年，迄今已有84年的办学历史，与福建农林大学同龄，是全校办学历史最长的学院、办学实力最为雄厚的学院之一。1962年即开始招收研究生，是全国首批获得硕士学位授予权和福建省首批获得博士学位授予权单位。
【悠久的办学历史】学院源于1940年创办的福建省立农学院植物病虫害学系，1958年更名为植物保护学系，2001年成立植物保护学院。学院为国家农业发展和台湾地区早期农业腾飞培养了各类植物保护人才，现已成为集本科、博硕研究生培养与植物保护研究为一体的教学研究型学院，先后荣获“全国先进基层党组织”、“全国教育系统先进集体”、“全国黄大年式教师团队”等荣誉称号。学院现有学生1138人，其中本科生610人、研究生499人、留学生29人。
园艺学院创建于1936年。学院下设园艺系、茶学系、设施农业科学与工程系、遗传育种教研室、园艺植物生物工程研究所5个教学系、室、所，现有园艺、茶学、设施农业科学与工程等3个本科专业，2016年起设置严家显茶学创新班。
福建农林大学林学院创建于1940年，经过80年的曲折办学历程，逐步发展为一个在我国东南具有较大影响力、以培养林业高层次人才和开展林业科学研究为主的高等教育机构。
1997年福建农林大学开始招收国家生物学理科基地班学生，在此基础上，为适应现代生物科学快速发展的需要，2001年学校汇集全校生命科学领域精英，创建了生命科学学院。学院成立至今，倡导“追求卓越，追求完美，追求和谐”的学院精神，以学科建设为主线，以人才培育为中心，不断创新人才培养模式和优化育人环境，努力将我院建设成为实力雄厚、特色鲜明、国内外有重要影响的高水平研究教学型学院。
艺术学院园林学院（合署）成立于2007年6月，源于园林专业（1984年）、观赏园艺专业（1993年）、装潢装修专业（1993年）、城市规划专业（2004年）。学院设有环境设计系、视觉传达设计系、产品设计系、动画系、园林系、风景园林系、城乡规划系7个教学系。
原动物科学学院创办于1958年,原蜂学学院创办于1960年。2019年9月，原动物科学学院和原蜂学学院合并组建为动物科学学院（蜂学学院）。
福建农林大学水产学科于2003年创办。2017年6月，我校整合水产、生命和食品学科的相关团队，成立了海洋研究院。2021年11月，为贯彻落实“海洋强国”和福建“海洋强省”战略，更好服务海洋经济高质量发展，我校整合涉海领域的优势团队，成立了海洋学院。学院秉持“厚德博学，耕海致新”的办学理念，坚持高起点、高标准、高质量的发展目标，旨在打造高素质海洋特色人才培养基地、高水平海洋科技创新基地及高层次海峡两岸海洋科技交流中心，致力于建设国内外有重要影响力的高水平研究型学院。
资源与环境学院办学历史悠久，基础扎实。学院创办于1958年，现拥有农业资源与环境博士后科研流动站和一级学科博士学位授权点、环境科学与工程一级学科硕士学位授权点。共设立农业资源与环境、环境工程、空间信息与数字技术等3个本科专业。拥有部级重点学科1个，省级重点学科2个，省级特色专业1个，省级重点实验室2个，省级行业技术开发基地1个，省级研究生教育创新基地1个。
福建农林大学食品科学学院源于1958年的原福建农学院食品加工专业，是国内最早开办的食品本科专业之一。1985年设立食品加工系，并开始招收硕士研究生。历经60 年的办学历史积淀和建系后30 余年的发展，形成了“学士-硕士-博士-博士后”完整的人才培养体系，成为福建省特色重点学科，拥有福建省唯一的食品科学与工程一级学科博士点和博士后科研流动站。
材料工程学院坚持“全员育人、全过程育人、全方位育人”方针，秉承育人为本、德育为先、强化基础、提高素质的人才培养理念，在人才培养、科学研究、社会服务和文化传承等方面取得了丰硕的成果。
