厦门大学东南亚研究中心成立于2000年9月，它是在南洋研究院基础上组建而成。南洋研究院（前身南洋研究所）创办于 1956 年，是我国最早设立的东南亚研究机构，也是我国最早设立的国际问题研究机构之一。1996年，由研究所升格为研究院。
厦门大学理论化学研究中心(Center for Theoretical Chemistry) 于2002年11月11日成立。研究中心的成立旨在进一步加强厦门大学理论化学的学科建设，促进理论化学科研人才的培养。研究中心现有包括1名中科院院士，7名博士生导师在内的9名固定研究成员，和4名客座研究成员。
厦门大学国家传染病诊断试剂与疫苗工程技术研究中心（以下简称“中心”）于2005年由科技部批准组建，2009年以“优秀”通过验收。2009年，中心受科技部委托牵头组建全国体外诊断产业技术创新战略联盟，获批科技部国际科技合作基地（2016年评估优秀）、国家级对台科技合作与交流基地。
萨本栋微米纳米科学技术研究院，前身为萨本栋微机电研究中心，由厦门大学、萨本栋教育科研基金会和厦门市政府共同创建设立，于2002年9月在思明校区开始正式运行，2003年通过验收成为厦门市MEMS工程中心，2006年获准筹建微机电系统福建省高校重点实验室。
厦门大学生物仿生及软物质研究院成立于2013年。2015年，软物质研究院获批国家“柔性物质研究及应用”学科创新引智基地（111计划） 和“柔性功能材料”福建省重点实验室，2016年获批市“柔性导电材料与器件”工程技术研究中心。
厦门大学石墨烯工程与产业研究院采取“诺奖得主-优势高校-引领企业-发达城市”协同合作模式，实现产学研用、上-中-下游的有机贯通，旨在推动以石墨烯为核心，涵盖膜材料、信息、能源等领域产业集群，引领国内外石墨烯及其他二维材料的产业技术的发展。
进入21世纪以来，在经济全球化浪潮的推动下，中国经济学的教育与研究如何国际化，如何参与国际竞争，成为国内学界热烈探讨的焦点话题。一些有前瞻意识的学校，在国际化办学方面迈出坚实的步伐。正是在这风起云涌的大背景下，2005年6月，以教育部人文社科重点基地为基础、依托于“985工程”二期项目的厦门大学王亚南经济研究院（WISE）应运而生。
为适应国家“一带一路”建设的重大战略需要，充分发挥地处“21世纪海上丝绸之路”核心区的区位优势，厦门大学于2017年7月批准成立“一带一路”研究院。
厦门大学南海研究院于2012年5月成立并于同年11月3日正式挂牌运行，以南海、中国东南海疆为焦点，广泛研究海洋法、海洋政策、海洋历史等领域有关问题。南海研究院拥有一支由海外知名高校毕业归国的高层次留学人才与国内重点高校毕业、有丰富国际组织实践的高层次人才相结合的海洋法研究团队，力争建成为以南海和中国东南海疆海洋法律和政策为主轴的高校国家智库。
厦门大学台湾研究院的前身为厦门大学台湾研究所，成立于1980年7月9日，是海内外最早公开成立的台湾研究学术机构，也是经过时任中央对台领导小组组长邓颖超同志亲自批示成立的教育部和福建省共建单位。2004年2月19日，经厦门大学批准，升格改制为台湾研究院，现有教授13人，副教授14人。
厦门大学海洋与海岸带发展研究院（简称：海发院）成立于2005年10月，是厦门大学基于自身综合性大学的多学科优势和厦门涉海研究机构众多的资源优势，为满足人才发展需求、促进海洋与海岸带管理的交叉学科及跨界研究发展而成立的研究机构。
厦门大学生物医学研究院成立于2006年厦门大学85周年校庆之际。生物医学研究院作为一个多学科交叉融合、科研与产业并举的新兴基地，将成为沟通生命科学与医学的桥梁。研究院瞄准国家人口与健康的重大需求，围绕心脑血管疾病、糖尿病、肝病、癌症、危重传染病及老年性疾病等严重威胁人类健康的重大疾病，以生命科学和医学交叉领域的重大科学问题为主攻方向。期望通过各学科的整合，阐明多种疾病的分子机理，并籍生物技术及药物研究，尽快将科学研究成果转化为药物、治疗和预防方法，造福人类。
厦门大学于2013年4月成立厦门大学产业技术研究院（以下简称产研院）。厦门大学产研院旨在加速提升厦门大学和海西的工业技术水平、推动产业升级换代、增强自主创新能力、推动战略性新兴产业技术研发和市场驱动型产业技术研发的有机结合和相互促进发展。产研院将面向行业、区域经济发展，注重原始创新，集成创新，完善成果转化与产业化全过程服务体系，促进厦门大学科技成果开发、转化和推广，服务于国家和福建省产业发展和需求。
厦门大学电磁声学研究院是一个集人才培养、科学研究和技术转化的多学科交叉的科研平台。研究院依托电子科学与技术学院行政单位，拥有三个开办博士点的一级学科，即：电子科学与技术、信息与通信工程、物理学等三个拥有博士点的一级学科，其中无线电物理、通信与信息系统两个二级学科是福建省重点学科。
厦门大学公共政策研究院成立于2011年11月，是在我校“211工程”三期“公共政策与政府治理”创新研究平台、“985工程”公共管理重点学科建设项目、福建省文科重点研究基地—“厦门大学公共政策与政府创新研究中心”、厦门大学人口研究所等机构及平台的基础上组建的，是一个从事公共政策的研究、咨询、开发和培训四位一体的科研及教学机构。
