国家“十二五”发展规划将生命科学的发展作为一个重中之重。细胞作为生命的基本单位，其功能的正常行使是生命维持正常活动的基础,而正常细胞活动又是由各式各样的信号及其传递通路,以及通路之间彼此交叉而交织而成的信号网络所控制。细胞信号网络失调与所有疾病的发生发展息息相关。细胞信号网络的研究是当今生物医学研究的一个持续性的热点，也是我们国家一个持续性的重大需求。
海洋环境科学国家实验教学示范中心（厦门大学）是厦门大学教务处、海洋与地球学院和环境与生态学院共同领导下的多学科交叉的、开放性的海洋与环境学科的实验教学部门。主要负责两学科相关的室内实验和野外实践教学工作，承担着国家级“长江口及邻近海域海洋生物与生态野外实践基地”和省级“南方海洋科学理科实践基地”的运行工作，并为学院的科学研究、研究生教育和社会需求提供技术服务工作。
厦门大学生命科学实验教学中心成立于2000年，负责生命科学学院及相关学科的本科实验及实践教学工作。2006年，“实验中心”达到硬件条件完善、软件体系先进水平，被教育部列入首批“国家级实验教学示范中心”。
厦门大学的考古学实验教学可以追溯到上个世纪20年代，顾颉刚、林惠祥、郑德坤等著名学者在厦大历史系任教考古学、人类学，先后设置了“古物陈列室”、“文学院中国文化陈列所”等实验教学机构，收集考古实物标本用于《考古学通论》、《中国明器》等课程的教学。
海洋生物资源开发利用协同创新中心由厦门大学牵头，联合集美大学、国家海洋局第三海洋研究所、福建省水产研究所、福建省环境保护研究院以及福建海魁水产集团等10多家省内龙头企业共同组建并培育。
中心自成立以来，始终秉承“自强不息，止于至善”的精神，解放思想，开拓创新，目前已经建立了较为完善的校内毕业生就业市场和就业服务体系，实现了教育、指导、服务和管理四位一体的良好运行机制。
“高等学校创新能力提升计划(简称2011计划)”是继“211工程”、“985工程”之后，中国高等教育系统又一项体现国家意志的重大战略举措。厦门大学、复旦大学、中国科学技术大学和中国科学院大连化学物理研究所（以下分别简称厦大、复旦、中科大、大连化物所，或统称“三校一所”）以“2011计划”总体精神为指导，共同建立“能源材料化学协同创新中心”（英文名称：Collaborative Innovation Center of Chemistry for Energy Materials，简称“协同中心”，iChE
厦门大学MBA：中国大陆MBA教育先行者。是1991年批准的、首批招收和培养工商管理硕士（MBA）的9所院校之一。厦大MBA自开办以来创造了六个全国第一，即成立全国第一个MBA中心，授予国内第一个MBA学位，出版全国第一套MBA教材，提出第一种MBA精神，主持编写第一本MBA教学大纲，积极推动第一届全国MBA联考。
福建省生物质清洁高值化技术工程研究中心（以下简称本工程研究中心或本中心）的依托单位为厦门大学。本中心具体由厦门大学能源学院牵头组织建设，厦门大学化学化工学院、海洋与地球学院、环境与生态学院、生命科学学院等5个院系参与建设，厦门大学能源学院负责运行管理，于2017年8月正式获批成立；中心主任为厦门大学能源学院林鹿教授，中国工程院院士陈勇研究员担任中心技术委员会主任。
厦门大学“分子诊断教育部工程研究中心”是公益性的、不以营利为目的的开放性研究开发平台。中心涉及到生物学，化学，临床医学，检验医学等多个学科，具备突出自主创新研发能力及产业转化能力。
电化学技术教育部工程研究中心于2006年8月由教育部批准建立, 并于2010年6月13日通过教育部验收。中心依托于厦门大学、国家固体表面物理化学国家重点实验室及厦门大学化学化工学院，同时得到了福建省科技厅和厦门市委市政府的大力支持。工程中心的建设与国家中长期科学技术发展规划、国家“十一五”科技发展规划以及福建省地方经济发展的需要紧密结合，面向国家重大目标和国民经济主战场，实现电化学高新技术研究成果的快速转化和产业化。
厦门大学高等教育发展研究中心是中国教育部人文社科重点研究基地。组建于2000年1月，是全国唯一一家以高等教育为研究领域的教育部重点研究基地。设有高等教育理论与政策研究室、高等教育管理研究室、高等教育考试研究室等三个研究室。
厦门大学会计发展研究中心成立于2000年1月，是以厦门大学会计系会计研究所为基础，以厦门大学会计系为母体，财政部会计司与厦门大学共建的厦门大学直属实体性研究机构，2000年12月经国家教育部批准为普通高等学校人文社会科学重点研究基地，是国家“985工程”二期创新基地——财务管理与会计项目的依托单位。
厦门大学中外合作办学研究中心（Center of Research on Chinese-Foreign Cooperation in Running Schools，Xiamen University，CRCFCRS，以下简称“中心”）成立于2010年3月19日，是中国第一家以中外合作办学为研究对象的专门研究机构，教育部中外合作办学理论研究基地、政策咨询平台和中心，中国高等教育学会中外合作办学研究分会理事长单位和秘书处所在机构。
NewZealandResearchCenter（NZRC）由厦门大学和新西兰维多利亚大学联合发起，2009年12月批准成立。
