为适应国家“一带一路”建设的重大战略需要，充分发挥地处“21世纪海上丝绸之路”核心区的区位优势，厦门大学于2017年7月批准成立“一带一路”研究院。
厦门大学南海研究院于2012年5月成立并于同年11月3日正式挂牌运行，以南海、中国东南海疆为焦点，广泛研究海洋法、海洋政策、海洋历史等领域有关问题。南海研究院拥有一支由海外知名高校毕业归国的高层次留学人才与国内重点高校毕业、有丰富国际组织实践的高层次人才相结合的海洋法研究团队，力争建成为以南海和中国东南海疆海洋法律和政策为主轴的高校国家智库。
厦门大学台湾研究院的前身为厦门大学台湾研究所，成立于1980年7月9日，是海内外最早公开成立的台湾研究学术机构，也是经过时任中央对台领导小组组长邓颖超同志亲自批示成立的教育部和福建省共建单位。2004年2月19日，经厦门大学批准，升格改制为台湾研究院，现有教授13人，副教授14人。
厦门大学海洋与海岸带发展研究院（简称：海发院）成立于2005年10月，是厦门大学基于自身综合性大学的多学科优势和厦门涉海研究机构众多的资源优势，为满足人才发展需求、促进海洋与海岸带管理的交叉学科及跨界研究发展而成立的研究机构。
厦门大学生物医学研究院成立于2006年厦门大学85周年校庆之际。生物医学研究院作为一个多学科交叉融合、科研与产业并举的新兴基地，将成为沟通生命科学与医学的桥梁。研究院瞄准国家人口与健康的重大需求，围绕心脑血管疾病、糖尿病、肝病、癌症、危重传染病及老年性疾病等严重威胁人类健康的重大疾病，以生命科学和医学交叉领域的重大科学问题为主攻方向。期望通过各学科的整合，阐明多种疾病的分子机理，并籍生物技术及药物研究，尽快将科学研究成果转化为药物、治疗和预防方法，造福人类。
厦门大学于2013年4月成立厦门大学产业技术研究院（以下简称产研院）。厦门大学产研院旨在加速提升厦门大学和海西的工业技术水平、推动产业升级换代、增强自主创新能力、推动战略性新兴产业技术研发和市场驱动型产业技术研发的有机结合和相互促进发展。产研院将面向行业、区域经济发展，注重原始创新，集成创新，完善成果转化与产业化全过程服务体系，促进厦门大学科技成果开发、转化和推广，服务于国家和福建省产业发展和需求。
厦门大学电磁声学研究院是一个集人才培养、科学研究和技术转化的多学科交叉的科研平台。研究院依托电子科学与技术学院行政单位，拥有三个开办博士点的一级学科，即：电子科学与技术、信息与通信工程、物理学等三个拥有博士点的一级学科，其中无线电物理、通信与信息系统两个二级学科是福建省重点学科。
厦门大学公共政策研究院成立于2011年11月，是在我校“211工程”三期“公共政策与政府治理”创新研究平台、“985工程”公共管理重点学科建设项目、福建省文科重点研究基地—“厦门大学公共政策与政府创新研究中心”、厦门大学人口研究所等机构及平台的基础上组建的，是一个从事公共政策的研究、咨询、开发和培训四位一体的科研及教学机构。
厦门大学财务管理与会计研究院（The Institute for Financial & Accounting Studies, IFAS）是国家“985工程”全国唯一的财务与会计创新基地。研究院致力于世界同行认可的财务与会计原创性研究和国际化教学。
厦门大学经济研究所成立于 1950 年，是当时经教育部批准成立的高校中第一个研究机构，第一任所长由校长王亚南先生亲自兼任。现任所长为靳涛教授。经济研究所历史悠久，成果丰硕，特别是政治经济学专业为国家 "211 工程 " 重点建设项目和国家重点学科。产业经济学为福建省重点学科。经济制度及运行机制研究是研究所的特色，在全国占据比较领先的地位。
核心研究方向：涉及主要学科领域包括高等教育学、教育经济与管理、职业技术教育学和比较教育学。当前研究重点在宏观政策咨询与建议、高校分类设置、大学教学与课程、高校规划与设计以及高教质量建设等研究领域。
厦门大学海洋微型生物与地球圈层研究所 地址：厦门市翔安南路4221号厦门大学翔安校区周隆泉楼A3-311室
福建省智慧城市感知与计算重点实验室（Fujian Key Laboratory of Sensing and Computing for Smart Cities,简称“SCSC”）由厦门大学信息学院负责，与建筑与土木工程学院、国际关系学院、公共管理学院等联合共建。实验室2015年3月获福建省科技厅批准建设，2020年1月福建省科技厅组织有关专家对实验室进行实地验收，2020年10月被评为福建省优秀重点实验室。
“化学生物学”是近年来涌现出来的一个以化学和生命科学交叉、融合为基础的崭新学科领域。它的发展不仅将对相关学科起着巨大的推动作用，而且还将对医药、农药等产业产生巨大的影响，是一个充满活力和应用前景的领域之一。
谱学分析与仪器教育部重点实验室以“谱学分析与仪器”为核心，系统地开展分析化学基础理论和方法研究和仪器创制。发现新原理、创建新的方法体系，催生新仪器研发和新技术集成，为新仪器新方法的实际应用提供科学基础和技术支撑，解决与生命、环境、材料及能源等国家战略发展领域关系密切的重大分析科学问题。实验室的主要研究方向包括光谱质谱分析、分子识别与传感、微纳分析与成像和创新仪器与装置。
