随着考试在社会生活中扮演着越来越重要的角色，考试理论与历史研究已成为中国学术界特别是教育学界一个十分重要的研究领域。作为考试的发祥地，中国有着悠久的考试历史和丰富的考试实践，考试在当今中国的教育以及其他各领域也发挥着十分重要的选拔与测量功能。
厦门大学中国能源经济研究中心成立于2006年7月，在国内率先拥有“能源经济学”专业硕士和博士学位授予点，并被认定为福建省首批协同创新中心。经过几年的不懈努力，中心已在科研学术方面取得了丰硕的成果。以第一作者和通讯作者在国内经济研究经济学权威刊物《中国社会科学》《经济研究》《管理世界》《经济学季刊》和国际SSCI、SCI能源领域重点权威刊物发表超过200篇学术论文。
厦门大学中国特色社会主义研究中心（以下简称“中心”）是2014年7月经福建省委宣传部和福建省哲学社会科学规划领导小组批准成立的第一批福建省社会科学研究基地。中心依托厦门大学马克思主义学院，以马克思主义理论、政治学、中共党史、社会学等学科为支撑，致力于中国特色社会主义理论的跨学科、综合性和整体性研究。徐进功教授担任中心主任、冯霞教授担任中心首席专家兼常务副主任、张有奎教授、苗瑞丹副教授担任中心副主任。
厦门大学公共服务质量研究中心成立于2011年，依托厦门大学公共事务学院与公共政策研究院，整合厦门大学校内外的研究力量和资源而建成，2014年7月，入选福建省首批社会科学研究基地建设行列。
厦门大学东南亚研究中心成立于2000年9月，它是在南洋研究院基础上组建而成。南洋研究院（前身南洋研究所）创办于 1956 年，是我国最早设立的东南亚研究机构，也是我国最早设立的国际问题研究机构之一。1996年，由研究所升格为研究院。随后，该研究院成为国家“211工程”建设子项目的机构。2004年11月，研究中心入选国家“985工程”哲学社会科学创新基地。
“中国知识论网”是国内第一个知识论的专业学术网站，由厦门大学知识论与认知科学研究中心创建，致力于为知识论研究学者与广大知识论爱好者提供一个学术研究交流的网上平台。
厦门大学海洋考古学研究中心（The Center for Maritime Archaeology, Xiamen University）成立于2004年7月。本中心秉承厦门大学人文历史研究面向中国东南与东南亚、面向海洋以及与文化人类学相结合的学术传统，是国内文物考古研究机构中唯一专长“海洋考古”的学术单位，也是我国高校中独具特色的人文学术研究机构之一。
厦门大学人类学研究中心成立于2006年，是福建省人文社会科学重点研究基地之一。创会主任石奕龙教授，副主任董建辉教授、黄向春副教授。2013年，董建辉教授担任中心主任，刘家军副教授为中心副主任。中心现有教授3人，副教授4人，助理教授2人。2014年，中心被评选为福建省人文社会科学重点研究基地优秀基地。
厦门大学东南亚研究中心成立于2000年9月，它是在南洋研究院基础上组建而成。南洋研究院（前身南洋研究所）创办于 1956 年，是我国最早设立的东南亚研究机构，也是我国最早设立的国际问题研究机构之一。1996年，由研究所升格为研究院。
厦门大学理论化学研究中心(Center for Theoretical Chemistry) 于2002年11月11日成立。研究中心的成立旨在进一步加强厦门大学理论化学的学科建设，促进理论化学科研人才的培养。研究中心现有包括1名中科院院士，7名博士生导师在内的9名固定研究成员，和4名客座研究成员。
厦门大学国家传染病诊断试剂与疫苗工程技术研究中心（以下简称“中心”）于2005年由科技部批准组建，2009年以“优秀”通过验收。2009年，中心受科技部委托牵头组建全国体外诊断产业技术创新战略联盟，获批科技部国际科技合作基地（2016年评估优秀）、国家级对台科技合作与交流基地。
萨本栋微米纳米科学技术研究院，前身为萨本栋微机电研究中心，由厦门大学、萨本栋教育科研基金会和厦门市政府共同创建设立，于2002年9月在思明校区开始正式运行，2003年通过验收成为厦门市MEMS工程中心，2006年获准筹建微机电系统福建省高校重点实验室。
厦门大学生物仿生及软物质研究院成立于2013年。2015年，软物质研究院获批国家“柔性物质研究及应用”学科创新引智基地（111计划） 和“柔性功能材料”福建省重点实验室，2016年获批市“柔性导电材料与器件”工程技术研究中心。
厦门大学石墨烯工程与产业研究院采取“诺奖得主-优势高校-引领企业-发达城市”协同合作模式，实现产学研用、上-中-下游的有机贯通，旨在推动以石墨烯为核心，涵盖膜材料、信息、能源等领域产业集群，引领国内外石墨烯及其他二维材料的产业技术的发展。
进入21世纪以来，在经济全球化浪潮的推动下，中国经济学的教育与研究如何国际化，如何参与国际竞争，成为国内学界热烈探讨的焦点话题。一些有前瞻意识的学校，在国际化办学方面迈出坚实的步伐。正是在这风起云涌的大背景下，2005年6月，以教育部人文社科重点基地为基础、依托于“985工程”二期项目的厦门大学王亚南经济研究院（WISE）应运而生。
