西南交通大学马克思主义学院是四川省首批重点建设的马克思主义学院。有马克思主义理论一级学科博士学位授权点，办有思想政治教育国家一流本科专业，在2017年教育部第四轮学科评估中马克思主义理论学科获得B+。有教育部高校思想政治工作队伍培训与研修基地、习近平新时代中国特色社会主义思想研究中心、邓小平研究中心等平台。主要承担学校思想政理论课教育教学和马克思主义理论类本硕博人才培养工作。
西南交通大学创建于1896年，学校以“唐山交大”“唐院”之名享誉中外，素有“东方康奈尔”之美誉，毛泽东主席为学校提写校名，成长于抗战，辉煌于唐山，南迁至峨眉，发展于成都。交大一路壮大，而随之进步发展的还有交大的体育事业，一直以来体育教育都是交大人才培养中必不可少的一个重要环节；清朝建校，英人执教，设兵式体操，器械运动体育课程；课堂严律时间，言谨行慎，衣着得体，学堂规矩始立，并延续至今。
牵引动力国家重点实验室是国家计委（计科技[1989]32号文）批准建设的国家重点开放研究实验室(代号1991DA105597)，主管为教育部，依托单位为西南交通大学。实验室1989年开始筹建，1993年初步落成，1994年开始接受国家试验和研究任务，1995年通过国家验收，2003年、2008年和2013年三次通过国家评估，两次被评为优秀国家重点实验室。
西南交通大学-利兹学院是经中国教育部批准，由西南交通大学与英国利兹大学合作创立的新型中外合作办学机构。学院定位于精英教育，是根据全球经济和社会发展需要，依托双方优质教育教学资源，在工程相关领域建立的一所高水平的高等教育机构。
茅以升学院（唐臣书院）遵循茅以升老校长“求实创新”的教育思想，贯彻“以学生的成长与发展为中心”的办学理念，搭建跨学科的人才培养平台，实施通识教育与专业教育相融合的个性化培养，是西南交通大学的“一个特区”和“两个基地”，“一个特区”指人才培养模式改革的“特区”，“两个基地”指教育教学改革的试验基地和书院制教育的试验基地。
西南交通大学智慧城市与交通学院/城市轨道交通学院是在成渝地区双城经济圈上升成为国家战略的时代背景下，由成都市人民政府与西南交通大学携手合作，以“产教、科教‘双融合’”理念，在成渝相向发展的桥头堡和未来之城——成都市东部新区，高起点、高规格建立的城市化、智能化、国际化新型办学实体。
2018年6月，西南交通大学第十四届党委第91次常委（扩大）会议研究决定，以2007年开设“詹天佑班”、2010年成立“詹天佑学院”为基础，在国内率先试点成立“天佑铁道学院”，“詹天佑学院”原有职责并入“天佑铁道学院”。 以“中国铁路之父”—詹天佑先生命名的“天佑铁道学院”，是西南交通大学在新的历史时期，以新机制、新内涵统筹规划并组织实施“一带一路”铁路国际人才教育、研究和开发的综合性部门，是服务“一带一路”倡议的国际化人才培养基地、战略性人才储备基地，也是讲好中国故事、传播互联互通文化、推广中国铁路技术
电气工程学院是西南交通大学历史最悠久的学院之一，由中国科学院院士曹建猷教授、著名电力机车专家杜庆萱教授、著名电磁理论专家任朗教授创建于1949年，迄今已有67年的历史。
西南交通大学经济管理学院前身为管理工程系，始建于1984年。为适应市场经济发展对经济管理人才的需要，学校于1993年成立经济管理学院。
西南交通大学外语教学的历史与学校建校史同步。1896年，山海关铁路官学堂招收第一批学生，全部由外籍教师（时称教习）授课，教材为国外引进的原版教材。除国文课外，授课完全用英语进行。由于当时中国新的教育制度尚未颁行，开设课程主要源于西方课程设置体系。
西南交通大学土木工程学院源于1896年在山海关铁路官学堂成立的土木工程系，土木工程专业是西南交通大学1896 年创办时最早设立的专业。经过一代又一代土木人的不懈奋斗，土木工程学院以其卓越的成就、雄厚的实力，享誉中外。
西南交通大学是国内较早创建信息学科的高等学校，早在1960年就开设了计算技术、自动化和无线电电子学等专业。1981年获得计算机及应用专业硕士学位授予权，是国内首批获得该学科硕士学位授予权的单位。学校在1985年成立计算机科学与工程系，1993年成立计算机与通信工程学院，随着学科领域的不断扩展，2005年更名为信息科学与技术学院。经过近五十年的发展，学院形成了以计算机、通信、控制、电子为主干学科的覆盖电子信息整个领域的学科体系，成为我国交通运输领域和西部地区的信息学科人才培养和科学研究的重要基地。
机械工程学院是西南交通大学历史最为悠久的学院之一，其前身为唐山路矿学堂机械科，始建于1919年。百年来，培养了以沈志云院士、翟婉明院士等为杰出代表的一大批国内外知名的专家学者、企业家和管理人才。改革开放以来，学院在教学、科研和学科建设等方面取得了突出成绩。
交通与车辆工程学院以建设国内知名的教学研究型学院为目标，历经40多年的建设与发展，现已构建起以车辆工程学科为龙头，以道路交通运输工程和能源与动力工程学科为两翼，以力学学科为支撑的车辆与交通运输工程学科群，形成了学士-硕士-博士-博士后完整的高等教育人才培养体系。学院现为中国汽车工程学会常务理事单位、山东汽车工程学会理事长单位、山东省交通运输类教学指导委员会主任单位。
交通运输是国民经济的基础产业、先导产业和国民经济的命脉。为发挥北航空天地一体化交通运输特色和学科优势，2007年交通科学与工程学院在原汽车工程系、土木工程系和航空科学与工程学院的载运工具运用工程学科基础上成立，形成了具有空地协同、车路协同和空地信一体化特色的教学科研体系，构建了融合航空、车辆工程、交通运输、机场道路、土木工程等空地信一体化交通运输学科人才培养与科研平台。
